Kawasan Hutan UI terbagi ke dalam tiga zona vegetasi utama: Wales Barat, Wales Timur, dan Vegetasi Alami, masing-masing dengan karakter komunitas pohon yang berbeda.
Pohon adalah elemen paling dominan dalam lanskap Arboretum, dikelompokkan berdasarkan tingkat pertumbuhannya semai, pancang, tiang, hingga pohon dewasa. Kawasan ini terbagi ke dalam tiga zona vegetasi utama: Wales Barat, Wales Timur, dan Vegetasi Alami, masing-masing dengan karakter komunitas pohon yang berbeda. Survei terbaru pada 2024 mencatat 957 individu sampel pohon dari 66 jenis dan 31 famili di seluruh zona, dengan ki kopong (Cecropia peltata), karet (Hevea brasiliensis), dan akasia (Acacia mangium) sebagai tiga jenis dengan jumlah individu terbanyak secara keseluruhan.
Menariknya, jenis-jenis yang tampil paling dominan secara ekologis justru bukan tumbuhan asli Indonesia. Ki kopong berasal dari Amerika tropis dan bahkan tercatat sebagai salah satu dari 100 spesies penginvasi terburuk di dunia versi Global Invasive Species Database. Akasia, meski asli dari Indonesia bagian timur, justru bersifat invasif di luar habitat aslinya seperti di Arboretum. Sengon buto dan karet pun sama-sama berasal dari Amerika Tengah dan Selatan. Satu-satunya jenis asli Indonesia bagian barat yang masuk jajaran paling dominan adalah dluwak (Microcos tomentosa), yang unggul khususnya di zona Vegetasi Alami. Fakta ini menjadikan Arboretum sebuah arsip hidup tentang bagaimana introduksi tumbuhan, program penghijauan sejak dekade 1980–an.